Der Gemeinsame Bundesausschuss als Selbstverwaltungsgremium mit unterschiedlichen Besetzungen in den einzelnen Versorgungsbereichen ersetzt fünf Vorgängerabschlussgremien: den Koordinierungsausschuss, den Bundesausschuss der Ärzte und Krankenkassen, den Bundesausschuss für Fragen der Psychotherapie, den Bundesausschuss der Zahnärzte und Krankenkassen und den Ausschuss Krankenhaus. Er bildet Unterausschüsse für Fragen der ärztlichen, zahnärztlichen und stationären Versorgung.
Seit dem 01.01.2004 haben erstmals auch Patienten Mitspracherechte. Im Mittelpunkt der neuen Aufgaben des Gemeinsamen Bundesausschusses stehen Aufgaben zur Qualitätssicherung. Außerdem verfügt er über eine generelle Kompetenz zum Ausschluss oder zur Einschränkung von Leistungen, wenn nach dem allgemeinen Stand der medizinischen Erkenntnisse der diagnostische oder therapeutische Nutzen, die medizinische Notwendigkeit oder die Wirtschaftlichkeit nicht nachgewiesen sind. Weitere wesentliche Aufgaben sind unter anderem der Beschluss von Richtlinien, die für Vertragsärzte, Krankenhäuser, Versicherte und Krankenkassen die einzelnen Leistungen konkretisieren, z. B. in den Bereichen ärztliche und zahnärztliche Behandlung, Früherkennung, Bedarfsplanung, häusliche Krankenpflege und Arzneimittel, über die Zulassung neuer Untersuchungs- und Behandlungsmethoden zur GKV zu entscheiden und Arzneimittelgruppen, für die Festbeträge festgesetzt werden können, zu bestimmen.
Der Gemeinsame Bundesausschuss besteht aus einem unparteiischen Vorsitzenden, zwei weiteren unparteiischen Mitgliedern, neun Vertretern der Leistungserbringer und neun Vertretern der Krankenkassen. Die Besetzungen wechseln je nach Versorgungsbereich. Außerdem gibt es neun Patientenvertreter; sie haben in der Regel ein Mitberatungs- und Antragsrecht. Der Gemeinsame Bundesausschuss steht unter der Aufsicht des Bundesministeriums für Gesundheit.