Unter Prüfkompetenz wird eine Legitimation zur Durchführung von Prüfungen mit definierten Zielen verstanden. Der MDK ist im Rahmen des neuen DRG-Entgeltsystems zur Prüfung von medizinischen Daten der Krankenhäuser legitimiert um z. B. Fehlabrechnung zu erkennen. Auch im Rahmen der Qualitätsprüfungen in der Pflege sind dem MDK vom Gesetzgeber entsprechende Prüfkompetenzen übertragen worden.